インフォマティクス

Pythonでベイズ最適化の実装

PubChemから取得したデータから説明変数をMordred記述子、目的変数をXlogPとしてベイズ最適化を実装しました。
Python

Pubchemの化合物データをクレンジング

PubChemから取得したデータから説明変数をMordred記述子、目的変数をXlogPとしてをベイズ最適化実行するためにデータの前処理を行った。
Python

PubChemから化合物データを取得

PubChemから化合物データを2000件取得しました。データ取得の際に行なった処理などをご紹介いたします。
Python

PytyonでPubChemから化合物データを抽出してみた

PythonのライブラリであるPubchempyを使用して化合物DBであるPubChemから化合物情報を抽出してみました。抽出したデータを機械学習やデータ分析に使用することで物性や反応予測などもできるので、ぜひご覧になってください
Python

Pythonで化合構造をMordred記述子に変換

化学構造は記述子(化合物の性質や構造を表した数値)として表すことができ、化合物の特性や反応性を予測する材料となります。今回はPythonを使用して化合物のSMILES式からMordred記述子を出力してみました。
インフォマティクス

機械学習のプロセスについて解説

最近は機械学習なんて言葉も珍しくありませんが、機械学習ってどのようなプロセスで実行されていくのか疑問思ったことはありませんか?今回は初心者の方でも分かりやすいように機械学習のプロセスについて解説しました。
Python

Pythonを始めて2年が経った感想

Pythonを始めて2年になりましたが、独学でPythonを学ぶ際にどのような苦難が待ち受けているか、どのように勉強すればいいかなど体験談を書いています
インフォマティクス

RDKit〜pythonで化学構造を描画する〜

PythonのライブラリであるRDKitを使用して化合物の構造式を描画する方法について解説しています。Jupyter notebookなど図が表示できる環境にてSMILESを読み込ませることで簡単に表示することができます。
インフォマティクス

SMILES記法 〜化学構造をテキストへ変換〜

化合物の構造式をテキスト表記する方法としてSMILES表記が挙げられます。今回はこのSMILES表記について、そもそもSMILESとは?、どうやって表記するの?、取得方法は?という疑問を解決できる記事となっております。
Python

Python クラス編_2

こんにちは!ぼりたそです!今回は以前ご紹介したクラスについてまとめた記事の続編となります。 この記事は以下のポイントでまとめています。 Point コンストラクタ メソッドの定義 クラスの継承 前回はクラスを定義してインスタンス化するところRead More...