Python 【コード付き】GpyOptでベイズ最適化を実行
この記事はGPyOptでベイズ最適化を実行する手法について解説しています。具体的にはGPyOptとは？実装コードとその解説について詳細に説明している記事となります。
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インフォマティクス InChIについて解説 〜化学構造をテキスト変換〜
化学構造をテキスト変換するInChIについてまとめた記事です。具体的にはInChIとは、InChIの記載方法、InChI Keyについて、InChIの取得方法について解説しています。
インフォマティクス Pythonでフィンガープリントの部分構造を可視化
Pythonにより化学構造のフィンガープリントにおける部分構造の可視化についてまとめた記事です。具体的にはフィンガープリントとは？、フィンガープリントの部分構造を可視化、複数の化合物における共通部分構造の可視化についてまとめた記事になっています。
インフォマティクス クロスバリデーション（交差検証）についてわかりやすく解説
クロスバリデーションについて初心者にわかるようにまとめました。具体的にはクロスバリデーションとは何か？クロスバリデーションの種類、クロスバリデーションの実行について記載しています。
インフォマティクス 【検証】ベイズ最適化の実装〜獲得関数による探索効率への影響〜
この記事ではベイズ最適化における獲得関数による探索効率への影響を検証した結果をまとめています。化合物のSMILESから計算した記述子を説明変数としてXlogPを目的関数とした最適化を行なっており、EI, PI, MIの獲得関数を使用しています。
インフォマティクス ベイズ最適化の実装〜カーネルによる探索効率への影響〜
ベイズ最適化におけるカーネルの探索効率への影響について調べました。実際にデータセットを使用して最適化を行ったところカーネルにより探索効率に差が確認されました。詳細については記事を参照いただければと思います。
インフォマティクス 【コードあり】Pythonで重回帰分析を実装してみた
Pythonを用いて重回帰分析の実行する方法についてまとめています。また、変数の重要度や多重共線性についても評価するコードを解説しています。
インフォマティクス 【初心者向け】ガウス過程回帰をわかりやすく説明〜Pythonで実装してみた〜
ベイズ最適化でも使用されるガウス過程回帰について初学者の方にもイメージを掴んでいただけるように解説した記事です。Pythonでガウス過程回帰を実行するコードも紹介しています。
インフォマティクス Pythonでベイズ最適化の実装
PubChemから取得したデータから説明変数をMordred記述子、目的変数をXlogPとしてベイズ最適化を実装しました。
Python Pubchemの化合物データをクレンジング
PubChemから取得したデータから説明変数をMordred記述子、目的変数をXlogPとしてをベイズ最適化実行するためにデータの前処理を行った。